A Brasil Júnior é a Confederação Brasileira de Empresas Juniores, órgão máximo do MEJ no país. A organização é responsável por incentivar e dar suporte às EJs brasileiras, a fim de potencializar o desenvolvimento da Rede e tornar o Movimento reconhecido por toda a sociedade. A Confederação foi criada em 2003 por estudantes que desejavam contribuir ativamente para o desenvolvimento do país. Por meio da promoção de ações nacionais e regionais, a Brasil Júnior mantém os empresários juniores alinhados com o objetivo do MEJ: formar, por meio de uma cultura empreendedora e inovadora, profissionais capacitados para transformar o país. A organização promove anualmente o ENEJ, Encontro Nacional de Empresas Juniores, evento considerado uma das maiores oportunidades de networking, desenvolvimento e integração para os membros do Movimento Empresa Júnior.